Esta es una lista parcial de algunos de los científicos que participaron en este proyecto. Albert Einstein escribió una carta al presidente Roosevelt conminado por Oppenheimer antes del inicio del proyecto para convencer al presidente de la necesidad de establecer un programa semejante. Aparte de esta carta, él nunca trabajó en el desarrollo de bombas nucleares.
* Robert Oppenheimer: Director del proyecto, se opuso al uso militar de la energía nuclear una vez terminada la guerra.
* Edward Teller: Uno de los muchos judíos huidos del régimen nazi. Uno de los más fervientes defensores del programa armamentístico nuclear estadounidense.
* Hans Bethe: Importante teórico del proyecto, director de la división técnica. * Enrico Fermi: Huido de su Italia natal, fue el creador de la primera pila atómica en la Universidad de Chicago.
* Richard Feynman: Responsable de la división teórica y de los cálculos por ordenador. En su biografía cuenta numerosas anécdotas sobre su etapa en el Proyecto Manhattan y su sentimiento de culpabilidad al explotar la primera bomba.
* John von Neumann: Experto en materia de explosivos, entre otras habilidades, le fue encomendada la misión de ayudar en el diseño de explosivos de contacto para la compresión del núcleo de plutonio del dispositivo Trinity test y la bomba Fat Man caída en Nagasaki. También fue el encargado de calcular a qué altura debían explotar las bombas antes de tocar el suelo para que su efecto fuera más devastador. Así mismo también estuvo en el comité encargado para seleccionar objetivos potenciales japoneses (ciudades), donde hacer caer las bombas atómicas.
Hans Bethe
Robert Oppenheimer
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